Servindo o Imperador

"Você não tem idéia do poder do lado negro. Eu devo obedecer meu Mestre."

―Vader, para seu filho.

    Muitas das primeiras missões de Vader foram ordenadas pelo Imperador em pessoa. Estas primeiras missões incluíram matar um grupo de Cavaleiros Jedi que tentaram uma armadilha contra ele em Kessel, prender o Senador dissidente Fang Zar em Alderaan, e viajar ao planeta Kashyyyk para inspecionar a escravidão dos Wookiees depois que Vader descobriu a presença de alguns Jedi naquele planeta. Foi em missão ao planeta Honoghr, devastado pela toxina Separatista Trihexalofina1138 durante as Guerras Clônicas. Ele prometeu aos Noghris que o Império restauraria os ecossistemas de Honoghr sob a condição de servidão ao Império como assassinos. Vader pilotava um Interceptador Eta-2 classe Actis durante suas primeiras missões para Palpatine com a continuação do Grande Purgo Jedi, às vezes acompanhado de Caças V-wing Alpha-3 classe Nimbus. Sua nave de comando pessoal era o Destróier Estelar classe Imperial-I Exactor.

    As tarefas mais pessoais de Vader eram achar e destruir os sobreviventes da Ordem 66. Entre eles estavam Empatojayos Brand, que foi forçado a viver o resto de sua vida numa roupa de pressão, An'ya Kuro, conhecida no Templo Jedi como "a Mulher Sombria", e Halagad Ventor, de quem Vader descobriu a localização de outros sobreviventes Jedi, incluindo Qu Rahn. Depois, Vader foi capturar três Jedi desaparecidos do planeta Murkhana: os Mestres Jedi Roan Shryne, Bol Chatak e Olee Starstone, o Padawan de Chatak, que conseguiu escapar e se esconder. De qualquer forma, o objeto de sua mais intensa raiva, Obi-Wan Kenobi conseguiu enganá-lo, pois Vader não retornou a Tatooine temendo sua personalidade enterrada de Anakin Skywalker.

    Embora Vader estivesse em grande possessão de riquezas e poder, ele requisitou alguns confortos adicionais. Entre estes estavam seu palácio em Coruscant e o Castelo Bast, em Vjun. A 501ª Legião, a divisão de stormtroopers que ele liderou na execução dos Jedi no Templo Jedi, se tornou a sua guarda pessoal, as missões que eles faziam levavam o nome de Vader junto ao longo da Guerra Civil, recebendo então o apelido de "Punho de Vader".

    Em 7 ABY, Vader comandou um projeto de pesquisa em Falleen. Sua intenção era criar uma arma biológica. Mas, acidentalmente, toda a área em volta do centro de testesfoi infectada. Como precaução, Vader "esterelizou" a circunferência da área, que incluiu a morte de mais de 200.000 Falleens, incluindo a família do Príncipe Xizor. Aos olhos do Império, estas mortes foram um pequeno preço a se pagar, por que preveniria a morte de outros milhões no resto do planeta, e previniria uma epidemia multi-planetária.

    Em 1 ABY, Vader e Palpatine foram o alvo de um grupo de oficiais Imperiais traidores comandados pelo Grand Moff Trachta. Trachta via os Sith como tolos e arcáicos, e acreditavam que o Império não devia ser governado por um culto de dois homens sós. Eles planejaram usar um grupo de stormtroopers alterados, leais apenas a eles, para destruírem os Lordes Sith. Mas no fim, o complô falhou, em parte por causa de brigas internas entre os conspiradores.